万历四十六年四月底，中华军北线部队撤离京津卫地区。五月初，中华军撤离蓬莱水城，但依旧占据了辽东半岛南部的金州、旅顺地区，以及渤海湾中的岛屿。
当月，大批徐鸿儒白莲教造反军进攻曲阜，被官军打败后，大批逃难者逃向山东与南直隶‘交’界的日照臼港沿海，中华军水军北方舰队第三分舰队押运大批货物路过，毅然靠岸接应，救走了五千余难民。
明朝廷言官指责中华军破坏和议，被方从哲鼓动浙党、楚党强力把这股批评风‘潮’压制下去。同时，方从哲发信催促徐光启迅即与中华公司当成和议。
六月底，大明朝廷与中华军总统领尹峰签订秘密的和平条约。同时，内阁首辅方从哲在朝堂之上宣读了一份公开的、双方主持谈判者亲笔签署的《南京协约》：中华公司向朝廷献版籍归降，推出两京所有占领区。同时，朝廷开海禁，允许中华公司经营海外贸易。在公开的宣传中，方从哲有意忽略了关于除南京外的江南占领区的问题。
在双方密约中，方从哲准许中华公司的商人享有特许经营权，除按章纳税外，官府不再会对他们进行和买、强行捐纳等。而且，关于尹峰称王的要求，方从哲通过徐光启，含‘混’地答应会为他争取。
尹峰在与朝廷后期的谈判中，也不再强调封王一事，只要让他占据江南这块地方就行，无需说明名义上的东西，他只要实实在在的利益。
中华军撤离南京，同时从安庆、芜湖等地撤离，也从江北的扬州一带撤离。但是，中华军继续占领者吴淞口，从南京东面的句容往东南，金坛、溧阳直到太湖北岸，这一条线以东，中华军继续控制着。中华军倒是从苏州府撤出了，但是他们就在苏州府城以北建筑了一处炮垒。太湖以东的昆山、青浦、金山，都有中华军驻守，并且利用本地四通八达的水上通道，建立了严密的水上巡防制度。在江南控制区，中华军驻扎了新编成的第四师一万五千人，协同两支分舰队五十余艘炮舰战船，包括配炮七十五‘门’的飞龙号主力舰。
第四师的兵力，一半是麦德第二师的部队‘抽’调的，基干兵力就是参加南线战斗的第二师第七团，其余的是由原属台湾驻防军的庄丁队整编而来，还有就是海南土著营及本地招的少量辅助兵。第四师师长由麦德担任，第二师师长转由杨大成担任，将移镇北方琉球群岛，训练最近从华北、山东、辽东等北方地区招收的北方新兵，这些新兵和原第二师的成员，以后将主要在北方作战。
麦德出战的次数不多，原第二团“烈风团”的骨干已经分散到了第二师和第四师等好几处，但是他训练部队按部就班、一板一眼，绝无松懈，因此他的部队一直是纪律严明的强军。他本人以稳重著称，主动出击‘精’神不够，但是守御有方、临战决策果断，而且他为人和善、善于和人沟通。这一点很重要，因为，中华军的江南控制区大总管是陈衷纪，副总管曹泰，都是和麦德一样，是尹峰亲手缔造的中华军中第一批将领。
大明朝廷急着要对付东北的危机，中华公司急着要对南洋全面动手，双方这才达成了那份荒唐的协约，一份亘古未有的，朝廷和商人叛‘乱’分子的和约。
颜思齐的第五旅是最先撤离江南的南线参战部队。他们坐上船一直南下，穿过台湾海峡，掠过吕宋以西洋面、在西婆罗洲南崖州靠岸后，接受了本地驻防军金矿护矿队十六个哨队的兵力，完成整编后，第五旅共有四个团六千余人。其中，第四团的一个营长是全中华军最年轻的营长，名字叫郑芝龙，今年16岁，实际上还未完成军校指挥科的学业。
第五旅的行军和整编都是非常仓促的，其原因就是南洋战‘乱’又起。
赵宣明的南洋旅需要防守的地方太多了，除了西婆罗洲、还有苏拉威西岛、苏‘门’答腊、帝汶爪哇等各中华殖民地需要防守。他的部队老底子是守澎湖风柜尾寨的第四团老兵们，如今大量的内地移民、南洋华侨子弟加入部队，原先那种坚忍的“铁壁团”作风虽然有些稀释，但是基本功还在。南洋殖民地驻守部队的根本问题也在这里，善于防守、不善于进攻。星罗棋布的殖民地驻防堡垒使得南洋旅兵力分散，除了爪哇的井里汶城南洋旅总部，赵宣明直属的一个团1000余人是战略机动部队外，其余部队分散在各殖民地，战线拉得太长。
由于国内战争的原因，第三舰队南洋舰队还是‘抽’调了一些舰只北上，去支援台湾和南线部队。中国国内在打内战的消息也传开了，南洋的中华公司兵力空虚，这是毫无疑问了。荷兰、法国、英国以及各南洋土邦都动了心思，开始乘火打劫。
葡萄牙人如今只能靠中华公司的帮忙才能维持澳‘门’的经营，而且葡萄牙人和荷兰人积怨太深，因而此次南洋危机他们和中华公司站在了一条线上。
荷兰人联合英国人、法国人即将在南洋动手的消息，在半年前就通过澳‘门’葡人传到中华公司商情部。两个月后，随着西南季风回来台湾的中华公司商船，陆续带来了爪哇、亚齐、马六甲等各处南洋战略要点全线开战的消息。今年来台湾的荷兰商船和英国船减少了很多，这也证明了局势的紧张程度，大约有四十多艘中华公司商船在巴达维亚、泗水、苏拉威西、帝汶被扣押。
英国人和法国人都是南洋这盘棋局上的后来者，和葡萄牙人、荷兰东印度公司、中华公司曾经打过一阵‘混’战。他们乘着中华公司和母国打内战，想要改变棋盘的局面。
尹峰是绝不会允许这样的情况发生。南洋这块地方，华人是最早的殖民开拓者，只是因为没有国家为后盾、力量松散和内讧太多，才会在后世被西方人全盘控制。即使是在后世，南洋的经济命脉八成掌握在华人手中，脱离了华人的辛勤劳动和贸易往来，所有的西方殖民政fǔ都会垮台。例如，尹峰穿越前的那个时空中，西婆罗洲的金矿产业，是最早的开拓者华人建立起来的。金矿业在华人手中能够兴旺发达，当荷兰人把兰芳公司等华人公司赶走后，却怎么也没法经营下去，最后都破产了。一直到二十世纪，西婆罗洲的基础设施还是华人留下的基础上建立起来的。
在这个时代，华人象工蜂一样劳动，西方殖民者和土著坐享其成，这种情况绝不会发生了，中华公司和尹峰的目标是：把南洋变成中华的内海。
尹峰布置好留守江南的人手后，等不及陈衷纪从北方过来‘交’接职务，就带着最新的威远舰和李星的第三师第六旅主力5000人，搭乘海魂、海胆号以及新兴号，从吴淞口出发，逆风驶向台湾。
半个月后，他带直属亲兵营在台北登陆，船队继续南下吕宋，去镇压那里的倭人、土著人天主教徒叛‘乱’。
尹峰留在台湾，着手开始整编中华军部队。
这是中华军从成立护卫队算起，第五次整编了，而且还是在战争时期进行整编。
尹峰的半吊子军史专家搞出来的军队体制，一开始为了对付西班牙人，模仿的是荷兰人莫里斯、后期转向学习后世的瑞典古斯塔夫。随着燧发火枪的运用，以及军校教育、自主的火器研发生产体系的建立，现在的中华军已经发展到开始大量运用大炮、以火力输出为主、刺刀白刃冲锋为最后一击，近似法国大革命前的火器战术。开得过于超前的金手指，使得尹峰也没法把握中华军的一些发展方向了，编制、战术、士气、训练、后勤、情报等各项军队要务都处在不停的变化过程中，一切都处在‘摸’索过程中。
近期与朝廷的作战过程中，尹峰发现自己的部队在击溃朝廷军队方面做得很好，但是按部就班的一字长蛇阵，尤其是横队与线式队形，在击溃明军后，却无法迅速包抄围歼明军。所以，中华军屡屡击败明军，但是以击溃战为多，少有歼灭战，作战方式比较呆板。
四哨为一个营，四个营一个团，三团为一个旅，两个旅一个师，这样的编制在更大规模作战时，还是显得很呆板，师长对于部队指挥，实际上战术选择余地很少。在当时通讯条件下，编制太大的部队，在战斗时根本没法做出什么临时的战术调整，只能按照战前部署打到底，或者就看本队指挥员的临场发挥了。可惜，尹峰对于培养这样的将才和帅才人物，拿不出什么好得办法，只能在实战过程中去发掘这样的人才。中华军的军校教育，现阶段能做到基干军官的养成训练，培养提高基层军官的素质，就已经很不错了。
赵铁第一师主力除留守辽东半岛南部的第二团之外，主力已经全部调回台湾。整编就从第一师开始，但赵铁有点不满意，缠着尹峰要求去南洋作战。