元惠宗与太子合好如初，见识过朱元璋厉害的太子跟其父皇如实说明情况后，父子俩知道不是朱的对手，竟然收拾行李携家眷逃往大漠了！常遇春与徐达率军入大都如入无人之境。
元惠宗在蒙古草原建立了新政权，始称北元，在太子央求下，赐何芊芊名黄真伊，假说是朝鲜贡奉来的公主，立为太子妃，次年，惠完去世，爱猷太子即位，史称元昭宗，立黄真伊（何芊芊）为权皇后。权皇后虽知一切不可挽回，却因思念朱元璋，又不习惯大漠生活，心存一丝侥幸心理，怂恿昭宗反攻中原。昭宗为爱所迷，应允。
同年朱元璋于应天宣布即皇帝位，定年号为洪武，国号为明。赐萨仁吉雅汉人名：马秀英（吉雅嫌土，仍自称吉雅），册封为皇后。
徐达、常遇春、李元忠，英明神武，所向披靡，先攻锦州，击败元将江文清；后攻全宁，击败元丞相相也速；军队继续不停，进攻大兴州，击败并生擒元相脱火赤。常遇春不顾临行前塔娜的劝说，大肆屠戮俘虏，在胜利回师途中，不幸患了“御甲风”，暴亡。塔娜闻之伤心欲绝，留儿子寄养给吉雅，出家为尼，为常遇春的罪孽祈祷求福。
元昭宗知形势逼人，终于重新启用扩廓，中原只剩下扩廓的军队还在日夜练兵，等侍着与朱的决战。
虽然，吉雅劝说皇帝留扩廓一条命，朱元璋应允,心中却有些吃醋，而苦守在大漠的何芊芊终于意识到自己不过是朱元璋战争里的一枚棋子,当了皇帝的他早已把她忘到九宵云外,她犹如走火入魔一般,明知不可为而为之，加紧逼扩廓攻打明军的步伐,扩廓终于对明宣战。双方交战多次，互有胜负。
最后一战,朱元璋安排徐达折腾扩廓的军队，白日里摆擂台，敲锣打鼓唱戏的方式麻痹对方，夜间搞小股兵力偷袭，令向来不屑于这种下三滥方式过招的扩廓不胜其烦。
在一次夜间突袭中，朱令大部队挥师齐上，扩廓猝不及防，惨败。在手下的死命劝说下，带着妻子乌斯格乐并十八护卫，渡黄河准备逃往大漠。
朱元璋率领庞大的军队乘胜追击，当他追至黄河岸边，望着扶着妻子艰难渡黄河的扩廓，脑海蓦然浮现了吉雅那既似忧伤、又似乞求的眼神，他的心猛地颤抖了一下，眼前的扩廓和当初那个风餐露宿、居无定所、受人打骂的小乞丐朱重八是多么相像！我曾经在元的统治下失去很多，如今我也得到很多——辽阔的国土、心爱的女人，还有什么看不开呢？就个人来说，你我本无深仇大恨，且彼此惺惺相惜，只不过各怀其志罢了，罢了，罢了，且让他去吧！
“班师回朝！”朱元璋猛地一勒缰绳，骏马扬蹄嘶鸣，“驾！”不顾身后众多质疑的眼神，绝尘而去！
朱元璋虽深爱吉雅皇后，也知道她向往的是一夫一妻制的生活，但作为开国皇帝，手下将军都手握兵权，压力之下不得不纳将军之妹，邻国公主等女子为妃以固国本，他虽然临幸这些妃嫔，但心里却只想着吉雅一人，充满愧疚与不安。每日除去办公，大部分时间都陪着吉雅，对她更加殷勤疼爱，生怕失去她。
吉雅皇后此时已有身孕，她不断说服自己：皇帝不可能只有一个女人，要接受现实，可当她独守空闺，想到自己心爱之人此时可能正与别的女子行床第之欢时，还是禁不住心如刀割，被寂寞和痛苦重重包围。
她却再也没有从前的欢欣雀跃，皇帝不在时，她郁郁寡欢，面无笑颜，皇帝在时她强颜欢笑，却总是提不起精神，让皇帝又担心又害怕又痛苦。
吉雅的贴身丫鬟塞雪是扩廓将军安插在吉雅宫中的眼线，她通过御善房采买太监金山与扩廓将军的手下取得联系，一直源源不断地将吉雅的近况汇报给扩廓将军。
扩廓只想知道吉雅一切安好就安心了，但随着消息的不断传来，他意识到她在皇宫中过地很不开心。不禁心疼难忍,更加痛恨朱元璋，愤而操练蒙古骑兵，准备兴兵讨伐明军，救吉雅脱离苦海。
吉雅临盆之期将近，宫中得宠的郭惠妃，嚣张跋户却头脑简单，她在其它妃嫔的激将之下，趁皇帝去前朝办事，来皇后宫中耀武扬威，本就有些抑郁的吉雅在她的污言秽语刺激之下腹部疼痛，下体出血，太医急来诊治，诊断为难产，皇帝也闻讯赶来，十分担心，皇宫内，吉雅久生不下，受尽折磨，皇城外，扩廓挥师三十万大兵压境，准备与朱元璋决一死战。
朱元璋派徐达、汤和出兵应战，自己守在吉雅室外焦急等待，吉雅从塞雪口中得知扩廓将军即将与明军开战，大为震惊，一时间，脑海中充斥着各种影像：与朱重八青梅竹马的欢乐，瘟疫之时离别的痛苦，郭家军府第相遇的惊喜......过往相处的点点滴滴以及现在的落寞寡欢，酸甜苦辣错综交陈，情绪猛然崩溃，魂魄被瞬间逼出体外，直接穿回现代。
而马皇后本来的魂魄也前来归位肉身，见室外焦急等侍的皇帝对吉雅情深意重，便把灵魂交换之事原原本本地告诉了他，皇帝听完皇后魂魄的讲述，痛苦不堪却不得不接受这个现实。
皇后魂归肉身，顺利诞下朱元璋第一位皇子朱标。
皇后本人的灵魂无爱无恨，心胸开阔大气，既不计较吉雅曾经占据她的肉身，也不奢求皇帝爱上自己。
塞雪将皇后的表现通报到扩廓将军那里，扩廓默默祝福皇后，黯然收兵，诸位明朝将军皆感莫名其妙，言扩廓帖木儿精神不好，要追击元军，大战一场，只有朱元璋和汤和觉察此事定与吉雅有关，念其对吉雅用情至深，遂命不予追赶，班师回朝。
毕竟皇后本人无甚过错，又和吉雅生的一模一样，皇帝便与皇后相敬如宾，并立朱标为太子，想起吉雅时就会来皇后宫中探望，只是每次见她淡然处之、置身事外的样子，便心痛难忍，更加思念吉雅。
他派遣汤和出使北元，一方面劝北元归降明朝，另一方面私下向权皇后何芊芊询问吉雅的真实身份，芊芊如实相告。
据此朱元璋知道吉雅是从现代世界穿越而来，便倾其一生不断派人寻找世外高人助其穿越现代。
吉雅穿回现代，在病床上醒来，身边匐着和扩廓将军生的一模一样的古月。古月其实一直爱着薛染儿（吉雅现代世界里的名字），自从她出事后，便向学校请假日日来照料她。
穿越前暗恋古月的染儿现在完全陷入思念朱元璋的旋涡之中，她婉言谢绝古月的追求，时常一个人坐在电脑前查阅有关朱元璋的资料，看着他的画像发呆，回忆和他相处的点滴过往，潸然泪下。
洪武八年，扩廓将军薨逝，其妻乌斯格乐自尽徇夫。
洪武十一年，元昭宗爱猷识理答腊病逝，权皇后被迫殉葬，灵魂穿回现代，辞去蛋糕城店长工作，在家对着电脑写作，记录她的穿越史。
洪武十五年，马皇后罹患重症，不治，薨逝，朱元璋回忆与吉雅的往事，不禁悲从中来，痛哭流涕，并加紧寻访仙人的脚步，期待与吉雅早日团聚。
洪武二十八年，汤和薨逝，过世前散尽家财，遣散一百多位妻妾。
洪武三十一年，明开国皇帝朱元璋患重症，驾崩前向贴身佩带的龙型玉器璋道出最后愿望：不羡鸳鸯不羡仙，只求与吉雅再续前缘。玉器之魂感念其痴情，发挥威力，助他穿越到现代成为一个蒙古族富二代，名唤哈丹巴特尔，他转学到吉雅所在班级做了一个插班生，二人相遇，惊喜交集。
一日这对小情侣携手逛商场，遇到同样在购物的何芊芊，三人相视，忆起曾经往事,内心百感交集，面上却都淡淡地，问候下彼此，然后挥手告别，芊芊注视着染儿与哈丹相依相偎的甜蜜背影，流下了伤心的泪水。