山本一夫带队飞赶到龙魂使者所说的地点时，现现场已经被人清理过了。不过，仔细观察还能看出些激烈战斗后的痕迹。山本一夫已经知道了那2名级战士的代号，东袋狸与西袋狸，最近的几件莫名其妙的大案都跟他们有关。“他们还没有走远，快追，应该是天化组织的接应人马抢先一步找到了尸体。”山本一夫当机立断，开始部署严密的追捕。而与此同时，忧心忡忡的暴龙和剑齿虎带着两具尸体，正在急撤退，并下令附近的人马潜伏和转移。原来，他们没有等到完成任务的东袋狸、西袋狸及时来会合，就知道事情不对，随后就去查找，很快就找到二人，只不过已经是两具尸体了。
剑齿虎有些诧异，“大哥，龙魂使者是怎么击毙这两只狐狸的，在晚上行动，他们两个又那么机警狡猾，按理来说不应该出事才对。”暴龙叹了口气，“级战士的作战方法本来就不按照常理进行，每个级战士都有自己独特的技能，在不了解对方虚实的情况下没有人敢说必胜。现在看来，龙魂使者不一定就是渡渡鸟，这个世界上高手很多，你现东袋狸的剑伤了吗？那绝对是个剑道高手攻出来的，可根据我们的资料，渡渡鸟没有修炼过剑道，除非在他失踪那5年里才开始修习的。”剑齿虎也有些无奈，“算了，把尸体交给组织上层吧，那些研究人员会给我们一些线索的。糟了，秘密调查局的人追上来了，快走。”
当佐藤警官在鬼屋给孩子们做笔录时，外面已经生了激烈的战斗，秘密调查局这次大举出动，攻破天化组织在附近的所有据点，不少人员被击毙俘获，其中还有几名高级人员，但暴龙和剑齿虎歼灭了秘密调查局一个小队带着尸体顺利逃脱了，让山本一夫大为恼怒。不过，总的来说，秘密调查局此次收获不浅，以前很多迷惑不解的奇怪案子在这次行动里都获得了答案。
天化组织这次损失惨重，在短时间内不可能恢复如此多的据点和情报人员，若非暴龙和剑齿虎带回了东袋狸与西袋狸的尸体，二人非受到处分不可。而组织的研究人员感到惊异，东袋狸与西袋狸不但在夜里攻击能力最强，而且有绝对的逃生技能，居然还被人如此击杀，这个龙魂使者比他们预先估计的还要厉害，不过，可以肯定龙魂使者也是级战士，身上有着与众不同的技能，不一定是渡渡鸟，或者很有可能是渡渡鸟的伙伴之类，二人有可能是一起行动的，否则很难在如此短的时间内将二狸先后击杀，当然这些全部只是推断。
天化组织决定暗中从东京的各个剑道馆查找线索，重点查找在5年前刚刚修习剑道，最近才快崛起的高手。新庄武平的神怡道场是重点关注对象，用短短5年时间造就一位剑道高手并不是那么容易的，新庄大师却绝对可以做到。天化组织能够猜测到的，山本一夫同样也想到了，他早就在神怡道场挖好了坑一直等着天化组织和黑暗组织的人往里跳。
一周以后，千钧已经为那夜的行动表示了歉意，静杨她们接受了他的解释，也大为惊叹这个柯南还真会惹事，晚上去探险都能碰到弑父凶手。于是这天晚上，千钧极力逢迎全力以赴，激战过后，三女都筋疲力尽y体横陈，大家一起相拥而眠。第二天，从温柔乡艰难起来，吃过香艳的早饭，千钧正准备送静杨她们三个各自回家，文良和云灵过来拜访。
原来，文良想要去郊外森林秘密基地看昆虫，云灵当然不同意，她想去逛街，文良不得不服软。云灵认为一个人去没什么意思，就过来约静杨她们三个。结果，几个女孩都决定先去逛街，千钧和文良对视无言。幸好，宫本由美和高木警官一起过来了，千钧急忙请他们进来，觉得高木警官今天非常帅气，连他与由美一同前来的醋意都忘记了。
千钧弄明白了，“原来如此，高木警官，这么说来你是奉命追捕一名逃犯了。”高木警官点头，“是啊，糟糕的是我根本没见过这名逃犯，只知道他叫做冈村宁二，手上也只有一张他的身份证复印件。”由美笑着补充，“这名逃犯是5年前的累犯了，佐藤带回的那个昭夫5年前无意中看见他行凶杀人，经过证实的确就是冈村宁二。”高木叹气，“这家伙手上都有好几条人命了，警方一直在通缉他，可是这几年他就突然销声匿迹了。”文良奇怪，“咦，高木警官，那为什么这个如此艰巨的任务落在你身上了？”
由美好笑，“本来是佐藤警官主动请缨的，高木警官立即响应去做美和子的助手，可最近秘密调查局那边搞出很多事情，目暮警官不得不亲自过去善后，就让佐藤警官负责他手上的一个大案。”大家全明白了，云灵笑道，“所以，这个追捕逃犯的案子只能交给斗志昂扬的高木警官独立负责了，你是来找新一和千钧求助的吧。”高木有些垂头丧气，他本来想跟在佐藤p股后面协助，还可以找机会一亲芳泽，没想到事情会变成这样，他现在骑虎难下了。
千钧摸着下巴，“好了，振作一点，高木警官。不过，现在新一不在，而且说真的，追捕逃犯的事情，他也并不是特别擅长。这样吧，我跟你一起去找这个家伙好了。我的运气一向很好的，我与新一合作时都是我擒获逃犯的。”文良一听，立即来了精神，“没错，多个人好办事，高木警官以你现在的职位也没有别的手下吧，我也去好了。”
高木警官不得已，只好接受了千钧和文良的建议，三人准备一起出去追捕逃犯。千钧让由美开车陪静杨、小雅、直子、云灵去逛街，家里的黑闪这两天也托由美过来照顾。路上，高木警官叮嘱千钧和文良不要乱行动，只要负责找到冈村藏身之处就行，那家伙可是亡命之徒。千钧和文良一向胆大惯了，自然有些不以为然，这次行动文良也带了把武士刀防身。三人先到了冈村昔日居住的地方进行调查，他的妻子还在那里居住。
当然，调查的结果也没什么线索，邻居的回答也是没有见到冈村，他的妻子也声称多年没见到丈夫了。失去了这条线索，高木已经没有办法了，千钧觉得冈村妻子有些不对劲，他家里的一些摆设好像感觉有男人来住一样。所以大家晚上就在那里盯着，没想到还真现了一个黑影出现，三人分头堵击，费了好大劲才将其擒获。结果这人不是冈村，而是冈村妻子的情夫。不过，他无意中听人提起说好像见过冈村。三人就前往寻找这个曾经见过冈村的人。
几经周折，问了几个相关的人，绕了很多冤枉路，在周日上午，高木等三人来到米花神社，可是他们找了半天，还询问了那位年老的豆垣久作社主，也没现冈村的任何消息。偏偏这时候，高木的警车还抛锚了，三人无奈到附近一家修理厂求助，见到了修理厂漂亮老板娘，她非常热情请他们到会客室休息，她让人把车拖过来修理。三人休息一会儿，决定出去到附近转转，看有没有线索。走到门口，来一位带着孩子的年轻妇女，她是个来给丈夫送午饭的，顺便带刚上幼儿园的孩子开开眼界，看看他爸爸工作的修理厂。
漂亮老板娘笑着提及，这女人的丈夫是她工厂最厉害的修理师傅，是5年前到这里来的，他们夫妇的结合还是她给牵的红线，他们夫妻非常恩爱。高木警官就问了那位师傅的名字，老板娘说叫山木。高木摇了摇头，打算离去。千钧随口问这个山木以前的经历，老板娘也奇怪了，不知道这个山木以前是干什么的，他自己也从未仔细提及过。文良就建议过去看看，于是老板娘就带大家去见山木师傅。
让高木警官大为失望的是，这个山木与自己那张照片的冈村不大像。几个人随便瞎聊了几句，问了一些5年前的情况，也没觉得有什么不对，就打算离开。这时候，千钧突然回头，大喊，“冈村宁二！”那人下意识地答应了一声，大家都是一愣，文良立即大喊，“冈村，你站住，我们是警察。”冈村一见暴露，飞快逃跑，三人立即分头堵击，只留下不知所措的老板娘与冈村的新妻子。
冈村对附近的地势非常熟悉，几次甩开了三人的追踪，但还是在米花神社不远的地方，被千钧追上，这时候的冈村已经累得像死狗一样了。随后过来的文良，与千钧一起将他制服，等了好一会儿，高木才气喘吁吁地赶到，给冈村戴上了手铐。冈村苦笑，“没想到我改名换姓逃了这么久，还是被你们抓住了。哎，算了，我只希望你们不要把我以前做的事情告诉我儿子，是我对不起他们母子。”事情顺利解决，三人都大为欣喜，尤其是高木，他本来都打算放弃了。
他们在带着冈村向修理厂走去时，看见目暮警官开车带着人向这里赶来，大家都奇怪目暮警官怎么这么快就得到了消息了。高木跑到路上挥手大喊，目暮警官停车下来，“高木，你怎么在这里？这家伙是谁？”高木警官一愣，“目暮警部，你不是来接应我的吗？我抓到冈村了。”这次轮到目暮警官吃惊，“什么？你抓到那个逃犯了？就是这家伙，太好了，高木，没想到你这么能干啊，居然这么短时间就抓到了犯人。”
千钧和文良上前询问，“目暮警官，你不是来接应高木警官的啊？那怎么到这里来了？”目暮警官苦笑，他根本就没指望高木能抓到这个犯人，让高木去不过是让他积累些经验，他也没想到冈村竟然还在东京辖区内。目暮挥手让随来的警员把冈村先带回去，让大家一起跟他去命案现场，原来这里生一起谋杀案，地点就在米花神社。等千钧见到柯南他们时，就全明白了，死神到了。
原来，毛利小五郎担任某一侦探连续剧的顾问，电视剧的名字大概是《暗笑的胁迫者》。由于剧情需要一行人前往米花神社拍外景。随同前来的人员有导演权藤武敏，扮演杀人凶手的女主角大明星冲野洋子，洋子的经纪人山岸荣一，帅气的偶像派男演员那智真吾扮演死者，摄影助手安西守男，随同前来戴着眼镜的漂亮女助理豆垣妙子，负责ad的岛埼裕二，以及其他的一些工作人员。
电视剧拍完后，小五郎对洋子大献殷勤，洋子都有些不好意思了。权藤武敏称赞因为有小五郎指导，电视剧才这么成功，大叔洋洋自得说事实也好像如此，柯南好笑他又开始得意忘形的吹嘘了。那智真吾非常喜欢玩火柴组合游戏，见小兰长得漂亮，就刻意上前套近乎，让柯南大为恼怒，嘲笑他是善于逢迎的家伙。
善良温柔的豆垣妙子与颇有气质的岛埼裕二订婚，下个月将举行正式婚礼，大家都给以善意的祝福，只有戴着骷髅手表的安西守男露出不怀好意的笑容，“结婚前的人怎么看都像朵花，不过那只是一种幻觉罢了。”豆垣妙子脸色大变，岛埼裕二大怒上前要教训他，被妙子及时劝阻，岛埼裕二恼怒，“安西只会说一些惹人讨厌的话。”安西冷笑，“那只是一般论，我又不是特别指你们。你没必要这么生气吧。”这时，他的骷髅手表出闹铃声，安西称是上个月特地去美国买的。
大家在收拾东西时，豆垣妙子的祖父豆垣久作来看望了妙子，叮嘱电视台的人把这里收拾干净，又疼爱地问了妙子几句后离开。妙子告诉小兰爷爷就是这个神社的住持。到了傍晚的时候，柯南提醒小兰给园子要那智真吾的签名，小兰惊呼差点忘了，急忙拉着柯南跑到树林里面寻找。刚巧，他们一起现了安西守男在树林里面拿着绯闻照片威胁自恋任性的那智真吾，被随后过来的岛埼裕二现后，小兰急忙说对不起，倒拖着柯南跑出树林，可怜的柯南。
等到安排大家住店的时候，那智真吾却不肯住米花旅馆这种二流的旅店，然后独自离开去住帝丹旅店，柯南嘲笑他不要脸。大叔与权藤是酒逢知己，在送酒大姐和女店员的陪同下，二人喝得非常尽兴。安西守男说要去保养摄影机，豆垣妙子说回家一趟，二人先后离开，因为要买帮权藤武敏买东西，岛埼裕二也随后出去。洋子称赞小兰还很年轻，现在还不用化妆。洋子问起了小兰的几个同学，“就是那对双胞胎，还有一个叫直子的女生，你们几个都那么年轻漂亮啊。”小兰有些不好意思，“那对双胞胎是新庄大师的孙女，一个叫静杨，一个叫小雅。不过，洋子小姐，你真是太过奖了。”
冲野洋子和小兰为了出去方便，去屋里换衣服，柯南同学大饱眼福，看到二女换衣服的全过程，脸都红透了，心里直痒痒。换装的洋子戴着帽子，非常的帅气，洋子说小兰有点神经质，开玩笑的。他们三个走出来时，碰到了已经回来的豆垣妙子，她好像到神社见自己的爷爷豆垣久作刚刚返回。随后大家见到了戴着骷髅手表与帽子的安西守男，他绕了一圈又走了，豆垣妙子露出惊诧莫名的表情，让柯南觉得很奇怪，小兰也说妙子的表情好像看到鬼一样。
三人在逛街买东西回来时，洋子还特意给柯南买了雪糕。经过米花神社，现那里有些奇怪的人影动静，就一起跑过去观看，冲野洋子出尖叫，安西守男死在血泊中，衣服和红色的帽子都掉在四周。随后赶到的就是岛埼裕二，还有那智真吾与情妇荻山律子。毛利小五郎赶到后，马上控制住现场，并打电话通知了目暮警官。随后其他人包括社主豆垣久作也都到了。
目暮警官见到小五郎后，有些无奈，“毛利，为什么每次你都出现在凶案现场？真是的，不是让你没事的话就待在家里吗？”毛利呵呵笑着上前解释了自己这次前来协助拍摄电视剧的。高木警官也上前来协助进行搜查取证，很快证实了凶器就是拍摄时用的刀子，凶器上没有指纹，鉴识人员证实了刀子被擦拭过。小兰和洋子都说当时太暗了，那个人影连男女都分辨不出来。当时的时间是十点半，那么犯案的时间应当是1o点钟到1o点半之间。
目暮警官和毛利小五郎现了地上留下的血字留言，翻译过来是石狮子的意思。毛利侦探认为石狮子就是指的神社出身的豆垣妙子，而妙子在他们喝酒时出去了大约1个小时。妙子说自己回家了，可她的爷爷刚好出去了，不能替她作证。由于她没有不在场证明，千钧和文良都赞成大叔的推理。
出于谨慎，目暮警官开始询问大家的不在场证明，权藤武敏与小五郎在一起喝酒可以证实，小兰、柯南与洋子一起逛街也没有问题，山岸荣一也一直在旅店没有出门。剩下有嫌疑的就是，那智真吾、荻山律子、岛埼裕二、豆垣妙子4人，岛埼裕二现在手里还拎着买来的东西，店员可以证实他确实到店里买了东西，由于他出去的时间在犯案时间内依然有可能作案，但是他在十点15分后就回到了旅店，之后没有出去，而洋子和小兰看到人影时是在十点半。豆垣妙子回到旅店后没有离开，洋子和小兰确认当时安西守男还活着，毛利侦探的头上都是汗。
那么，最大的嫌疑就是那智真吾和荻山律子，先那智真吾不肯随大家一起住旅店的理由太牵强了。高木警官从死者身上拿到了可疑的照片，里面全是他们两个在旅店偷情的艳照，而荻山律子偏偏是位有丈夫的名演员，山岸荣一对演艺圈的事情最清楚很快证实了这件事情。千钧立即断定，“目暮警官，很明显，这对j夫y妇被死者威胁了，刚才我问过柯南了，他亲眼看到安西守男在树林里要挟那智真吾，他们两个晚上莫名其妙地跑到这里来，又说不出所以然来，那么凶手就呼之欲出了。”目暮警官询问小兰，得到了证实。
毛利侦探认为石狮子可能是那智真吾的外号，那智真吾大怒，“我这样的帅哥，会有石狮子这样粗俗的绰号吗？”柯南也刚巧现，那个死者留言被人改动过，去掉多余的一笔，留言就是帅哥。柯南故意说这个片假名写错了，左边没有连写。经柯南提示，小五郎和目暮警官也都现了这一点。
那智真吾见大家怀疑，只好实话实说，他确实受到了安西的威胁，双方约好了今晚在米花神社碰头，他打算拿钱买回偷情照片，谁知道他和律子赶到时，就现安西已经被人用刀杀了，凑巧看到了地上的留言，为了不让人怀疑，慌乱中他只好加了两笔，将帅哥改成石狮子。还没来得及取回照片，就听到了洋子和小兰走过来的声音，他只好带着情妇匆忙逃走。洋子和小兰也明白过来，原来她们听到的声音就是那智真吾和荻山律子逃走时的声音。
目暮警官询问，“喂喂，你们有没有别的证人？”荻山律子恼怒，“拜托，警官，你见过有人偷情，还找人作证的吗？”目暮警官无语了，小五郎冷笑，“警部，凶手就是那智真吾，荻山律子帮情夫作证不能作数，应该是他们与安西的条件没谈好，就杀了安西灭口。”这个推理得到了千钧和高木、文良等人的一致认可。
目暮警官点头，让他们不要再试图狡辩了，请二人跟自己去警局一趟，二人惊怒，拼命否认，但还是被几位警员推搡着向警车走去。柯南已经现了破绽，知道情况不对，赶紧麻醉了小五郎，于是沉睡的小五郎推理秀出现，“等一下，目暮警官。”目暮警官只好让大家暂停，回头看见毛利侦探这个样子，有些恼怒，“喂喂，毛利，难道还有什么不对吗？刚才的推理也是你做出来的。”
“哈哈，不好意思，目暮警官，我刚才也被真正的凶手骗过了。那智真吾他们并没有撒谎，的确在那之前安西守男已经被人杀死了，命案是生在十点以前的。目暮警官，你再仔细看看那个留言，他在那智真吾改写之前，实际上已经被人改写了一次了。”目暮警官有些疑惑，经过大家观察和毛利的提示，“等一下，如果去掉这几笔的话，那留言就是豆垣了。难道凶手是豆垣久作？”大家都看向那位年老的神社社主，“不是他，目暮警官，那把刀只有点电视剧组的人才能拿到。真正的凶手是豆垣妙子。”
所有人都大吃一惊，小兰恼怒，“爸爸，我不是说过嘛，我和洋子小姐离开时，豆垣小姐一直在旅店，而那时安西守男还活着呢，她有不在场证明的。”“当然，如果你看到的是真正的安西守男的话，她的不在场证明才成立。”洋子也愣了，“毛利先生，你的意思是？”“我仔细问过柯南了，你们当时只看到一个貌似安西的男子从里面出来，是通过他的骷髅手表和帽子才认定他是安西的，其实那时候安西守男已经被杀死了，所以当时豆垣小姐才会露出惊讶的表情吧。”
小兰和洋子也恍然大悟，千钧忍不住询问，“毛利大叔，那假扮安西守男的是谁？谁又把留言改成了帅哥？”毛利侦探叹了口气，“是深爱着妙子的岛埼裕二，他取走了已死的安西的骷髅手表并假扮成安西守男，通过这种方式故意把凶案生时间向后进行了延迟，为的就是给妙子做出不在场证明。改动留言的人也是他，原因只有一个，想帮助自己的未婚妻脱罪。在这之后，又抢在前面将手表等物放回死者的原处。目暮警官，你仔细看看死者手表的表面，只有那里没有血迹的，那是被擦拭后的结果。我说的没有错吧，岛埼先生。”
岛埼裕二恼怒，叫嚣着，“我才是真正的凶手，不管妙子的事情。”毛利侦探叹气，“你并不是凶手，现场的血迹溅得到处都是，你身上却没有一点痕迹。在这里有时间换下血衣并且洗掉血迹的人只有豆垣妙子。”豆垣妙子流着泪走过来，承认了自己才是真凶，与岛埼裕二搂抱在一起痛哭起来。岛埼裕二也承认了刀子上的血迹和指纹也是他擦去的。
豆垣妙子是一个有着不堪回过去的女孩，因为在高中时父母的早丧和年少叛逆，所以一度和一些狐朋狗友搅在一起，在不经意间泄漏了家中也是神社中神器的秘密，结果神器被偷，而看管神器的杉山先生也因自责而自杀，她因此非常害怕、懊悔而没有说出实情，从此给她留下了无法摆脱的阴霾……多年后，当她准备正准备步入婚姻，迈向新的幸福时，那个偷了神器的无耻无赖安西守男竟旧事重提，还以此勒索威胁，忍无可忍之下，她选择了用刀威胁，以保护来之不易的幸福，但她没想到，对方竟穷凶极恶的冲了过来，混乱间意外失手杀了那个人渣。
事情生后，她匆忙离去，安西临死前在地上写的是是豆垣，被岛崎裕二看到了，于是改成了帅哥，这样就可以将罪名嫁祸给那智真吾，而自己又特意假扮了死者，意图帮妙子蒙混过关。可是留言又被赶来的那智真吾看到了，于是又添了两笔改成了石狮子。
目暮警官最后将岛埼裕二、豆垣妙子二人一起带走，毛利侦探清醒过来，在千钧的提醒下，知道了案件的简单真相，在洋子面前又洋洋自得起来。可是这次大家的心情都有些沉重，丝毫没有破获案件后的喜悦。后来，经过陪审团和辩护律师的求情，豆垣妙子因防卫过当误杀安西守男被法庭判处2年徒刑，岛埼裕二因故意包庇凶手、嫁祸他人、伪造证据妨碍警方办案，被警方拘役2个月以示警告，那智真吾也受到警方口头警告，倒是他与荻山律子的绯闻愈演愈烈了。毛利侦探因破获该起血迹留言凶杀案，警视厅给以b级奖励。
尾声，冈村因多年的几次行凶，被法庭判处2o年徒刑，原配妻子正式与之离婚，反而是后来那位妻子心甘情愿等他出狱，并含泪答应会把他们的孩子抚养长大。高木警官因抓获多年在逃犯被警视厅大力嘉奖，他付出的代价是保举千口文良参加持枪的培训和考试。