等到拂晓的时候，搜索队和村民自卫队纷纷传来消息，没有现任何可疑人物。小兰、晓月、千寻已经熬不住困意，爬在桌上睡着了。柯南和千钧、毛利还在耐心地等待消息，最后的结果让人失望。不过，由于没有船只，任何人都无法离开，可以证明凶手还在岛上。老警察下令，“请守夜的人留下，其他人都回自己家休息。”小五郎指着地图，提醒他，“这个地方还没找过呢！”老警察的脸色不太好看，“这个地方，还是不用找了吧，那里是水军洞穴！这个岛上的居民，没有人敢靠近那里的！”
老警察继续辩解，“光靠我一个人也不行啊！”三上武男很生气，“你是我们村子的警察，怎么可以说出这么没出息的话！”老警察恼怒，“那村长你自己去好了！反正我这个警察也该退休了。”三上村长色厉内荏，“胡说八道，为什么要我自己去？”毛利和千钧一起摇头，这都什么人啊！
天亮了，太阳跳出了海平面，霞光万道照射着敷岛。柯南却觉得自己的推理有些问题，千钧疑惑，柯南解释，如果上原杀了浜田，应该已经把金块所在地问出来了，“可是为什么昨天晚上他还要到浜田的房间东翻西找呢？”千钧皱眉，“那我们再去龙神号现场看看吧，也许能现什么。”柯南点头同意。
千钧打晕看守后，二人进入仓库，柯南在船上现了青苔，这是敷岛特有的一种青苔。柯南断定这艘船果然没有沉到海底去，“这7年来，它是怎么躲过村民们的耳目，而隐藏得这么好呢？”柯南看到远处的灯塔，恍然大悟。随后二人来到灯塔，千钧抱起柯南，让柯南通过架子上的望远镜观看远处，果然看到了水军洞穴。千钧笑道，“如果是那里，自然就没有人肯靠近……”柯南大惊，“难道……上原从这里观看的话，就很清楚了，所以他根本没有拷问浜田的必要。”
二人匆忙离开灯塔，打算前往水军洞穴。然而，所有的路口都被村民把守住了，千钧试着上前交涉，但村民们拒绝任何人去打扰水军的灵魂。柯南躲在灌木丛后着急，三上铃从身后突然出现，用小手轻轻敲打柯南的肩头，吓了柯南一跳，柯南回过头，不屑，“原来是你啊！”三上铃很生气，“你这是什么口气啊！你不是想到水军洞穴去吗？”柯南点头，没好气地说，“你难道有办法？”三上铃很得意，“不用担心，我可以告诉你捷径。”
柯南大喜，“真的吗？怎么走，快点告诉我！”三上铃开始拿乔，“什么啊，你这样子也是求人的态度吗？”柯南忍住气，“小铃，求求你了！”三上铃不满意，“就这样啊？”柯南火大，“要不然，你还让我说什么？”三上铃转过身，指了指自己嘴唇，张了张嘴。柯南脸红，大惊，“干嘛？你在想什么啊！”三上铃冷笑，“不愿意就算了，我要走了。”柯南头疼，“烦死了！”三上铃主动让步，指了指自己的脸蛋，“亲这里也可以，来……”柯南无奈，只好亲吻了三上铃的脸颊。三上铃高兴万分，决定马上带柯南去水军洞穴。柯南恼怒，“这家伙真过分！”
经过多次交涉失败后，千钧不得已放倒路口的所有守卫村民，却现柯南不见了。此时柯南和三上铃穿过捷径，抵达了水军洞穴。三上铃露出惧色，“你不会真的要进去吧？”柯南无所谓，“我当然要进去了。”“可是……”柯南好笑，“你不是不相信大家说的那些迷信吗？”三上铃嘴硬，“那当然了，我只是身为你的保护者，警告你而已！”柯南笑道，“你要是害怕，就留在这里吧！”
柯南信步向里走去，三上铃犹豫一下还是追了上去，“等一下，大家说的那些全都是迷信吧？”柯南哼了一声，钻过拦线，和三上铃走入洞穴，洞口却闪现一个黑色的人影。三上铃紧紧揽着柯南的肩膀，来到洞穴深处，现点着蜡烛的神位。三上铃道，“被杀死的浜田就是在这里照顾水军的。”这时，突然起风了，吹入洞穴出呜呜地凄厉声。三上铃害怕极了，捂着耳朵蹲在地上，“水军的灵魂生气了！”柯南现了破绽，走过去推动木制的神位。三上铃大惊，“柯南，你等一下！”
柯南推开神位后，现后面又是一个洞穴。“刚才那阵风根本不是水军的灵魂生气了，是从缝隙中吹进去的风在洞穴里面引起了共鸣。”三上铃很是佩服，“要进去吗？”柯南嗯了一声，二人顺着阶梯走下去，柯南现这个阶梯不是自然形成的，而是什么人特意堆垒而成的。三上铃现前面有亮光，二人向前跑去，但是阶梯突然崩溃倒塌了，二人惊叫着向里面滚去。
幸好，下面已经不是很深了，二人爬在了阶梯砖块上。三上铃抱怨，“这是什么阶梯啊，做的时候这么马虎！”柯南揉了揉头部，真的很痛，捡起一块青砖，现这砖很重，上面的青苔果然是岛上特有的。洞穴的前面出口，正对着外面的大海，碧蓝的海水轻轻地拍打在洞口的岩石上，出清脆的水声。三上铃跑过去，很是开心，“柯南，这里好漂亮啊！”柯南跑过去观察旁边的岩壁，上面没有青苔，证明这个地方崩塌没有多久。“对了，就是因为台风，这里才开了口子。”
柯南很快现旁边有一处很大地方，似乎被什么东西磨过，看来龙神号果然是藏在这里的，这个出口在龙神号进来之后被封住了，又因为台风，让龙神号重见天日。三上铃突然出尖叫声，柯南急忙跑过去，上原康夫浑身是血倒毙在另一侧岩壁旁边。柯南走过去检查，看样子不像是自杀，这么说凶手是……这时，一个人从后面悄然出现……
村公馆，老警察接到了电话，“如果这样的话，太感激你们了。”老警察挂断电话，告知毛利侦探，村民们组成自卫队，现在从海岸那边开始包围水军洞穴了。小五郎大喜，“我们走，小兰！”小兰急忙道，“等一下，柯南不见了！你有没有看到？”小五郎生气，“我哪里知道他跑到什么地方去了，八成跟千钧那个小子在一起！或者跟那个小女孩去玩了！好了，快点走了！”小兰只好跟上，晓月和千寻却笑嘻嘻地走向来时的海岸码头，海上自卫队的人应该到了。
走进洞穴的人是木下五郎，他认为上原是因为逃不出去而畏罪自杀的，“我是看见你们进来，才追上来的。来，我们回村子去吧！”三上铃答应一声就要走过去，柯南伸手拦住她。木下奇怪，“哪里不对吗？”柯南淡然，“我认为这个人根本不是自杀，他是被人杀死的。”木下惊疑，柯南指了指上原康夫的伤口，比起他左边太阳穴的伤口，右边太阳穴的伤口要大得多，“这就是子弹从左边进去右边出来的最好证据。可上原先生的手枪却是握在右手。右手握枪从左边太阳穴开枪自杀，太不合常理了吧！”
木下五郎大惊失色，露出狰狞的笑容，“事情到了这个地方，也没有隐瞒的必要了。”说话间，木下已经从死去的上原手中取下手枪，对准了柯南和三上铃。三上铃惊骇，“为什么？”木下奇怪，“柯南，看你的样子，一点也不觉得惊讶？”柯南冷笑，“你手臂上的伤是你自己开枪射的吧！”木下一愣，“怎么你连这件事情也注意到了？”柯南哼了一声，“千钧哥哥也现了。那个时候你衬衫上有烧焦的痕迹，那就表示你把枪口压住衬衫开枪的，但是你却说是上原开枪射的，如果是突然开枪，绝不会把枪口抵近开枪。你骗骗无知的村民和糊涂警察还行，却绝对骗不过千钧和我！”
木下五郎叹服，“你这孩子果然有一套！”“杀死浜田的人也是你吧？”木下大笑，“你说得没错。”原来，木下五郎从很久前就觉得浜田幸二不简单了，所以常常想趁浜田不在灯塔的时候去调查，后来他现了望远镜。木下本来打算自己慢慢找出金块到底藏在哪里，没想到贪心的村长却开始妨碍木下的事情，还找来了毛利侦探。三上铃恼怒，“我爸爸一点也不贪心！你自己还不是偷了乡公所里面的公款！爸爸都告诉我了。”
木下哼了一声，“我的确是心急了，没有错，毛利小五郎是闻名天下的名侦探，知道他要开始调查，我就打定了主意，只要我先把金块找到就行了。除此之外，还可以把这个有野心的上原康夫一起解决掉。”柯南明白了，“所以你为了这个原因，故意把毛利叔叔引入杀害浜田的陷阱里。”木下点头，“我做的最错的地方，就是低估了同来那个怪侦探。”柯南冷笑，“不是低估了，是你的伎俩太幼稚了，是个有头脑的人都能看穿你的手法。如此说来，你已经从浜田口中知道了金块的下落了？”
木下没有否认，在他的严刑逼供下，浜田不得已说出了这个地方。浜田的确在龙神号上待过，另外一个人就是上原。7年前，浜田为了独吞金块，将船主和上原等船员都丢进了大海。而浜田的真实姓氏就是青木，他为了躲避台风，就把龙神号开进了洞穴，没想到7年后也因为台风，使得入口的岩石崩塌了。这也许归咎于他的计算失误，但是除了这里也没有别的隐蔽地方了。
而岛上的村民因为害怕水军作祟不敢靠近。5年前，那些大学教授来这里调查，为了让村民们以为这里有水军作祟，他就穿上水军盔甲把那些教授和学生们都杀了。浜田的脸是他自己烧伤的，因为他担心被以前相识的人认出来。柯南听完了木下的叙述，“你之所以会在旅馆里面假装被上原射伤，为的就是让他逃跑，对不对？因为如果他被捕的话，你杀害浜田，还有金块的所在地就都会曝光。”
木下哈哈大笑，“你说得没错，上原也渐渐察觉到这个地方了。”那把枪也是上原的，当时在宾馆，木下把千钧骗到楼上查找，而木下直接去房间找到上原，告知了他外面的危险情况，让他赶紧逃跑。上原觉得有些奇怪，还是相信了木下。木下从上原那里拿过手枪，理由是，如果被人现逃跑的上原身上佩戴手枪的话，就更加百口莫辩了。上原道谢后，跳窗离开，木下就用手枪上演了《尼罗河惨案》的戏码。然后，在大家开始搜索的时候，木下绕到这个洞穴，用手枪将上原击毙。
木下讲解加上柯南的推理，事情很快都说明白了。木下大笑，“你还真厉害啊，被你猜中了八九。好了，我们的谈话也该结束了。你们两个小鬼就算死在这个地方，也不会有人现你们的，永远不会！”三上铃害怕极了，紧紧抓着柯南。柯南暗暗叫苦，“你不想知道哪些金块的下落吗？”木下不以为然，“反正那些金块一定被埋在这里，我只要等风声松了后，再来寻找就行了。”柯南哈哈大笑，木下恼怒，“有什么可笑的？”柯南止住笑声，“靠你这点智商，我看就算花一百年也找不到金块的。”“你说什么？”“你还不知道吗？”
木下大惊，“难道你已经知道了？”柯南露出招牌笑容，“没错，金块就在你的脚下。”木下低身查看，柯南立即启动鞋子，踢飞砖头，攻击木下。木下的反应很快，斜斜闪避，但还是被击中了肩头，木下出惨叫，大怒之下，右手举起手枪，柯南大惊。这时，一道光芒闪过，木下手中的枪断成2截，掉在地上。千钧手持七夕剑出现，飞起一脚踢飞了木下，木下惨叫倒在地上昏了过去。柯南恼怒，“你怎么现在才过来？刚才真是危险至极……”千钧微笑，“没有啊，我一直跟在木下五郎身后，只不过你们没有觉罢了，我的追踪术是不是又进步了，哈哈……对了，你说那些金块……”
柯南捡起地上的砖块，“这些金块早已经被做成阶梯了，所以才这么重！”三上铃大呼，“柯南，你太厉害了！我喜欢你！”三上铃冲上来搂住柯南，柯南无可奈何，千钧捡起砖块，摇头，“不对啊，柯南，这些砖块很正常啊，不是很重啊！”柯南一愣，“那是因为你力气比较大吧？”千钧好笑，“不是，砖块跟普通的砖块没什么区别。因为你是小孩，所以觉得砖块很重。如果真是黄金，你绝对踢不动的。”说完，千钧随手劈断了砖块，里面不是黄金，依然是青砖。柯南疑惑，“奇怪，那金块到底藏在哪里呢？”“我怎么知道？”三上铃出欢快的笑声，“反正就在这里，一起找找看……”
说话间，洞穴开始坍塌，落石吩咐坠下。三人无不大惊，千钧击碎几块落石，大叫，“快走，那边有一艘简易木船，是浜田准备逃跑用的。你们先到出口那里，我来带木下和上原的尸体。”在紧张的气氛中，千钧拽着木下和死去的上原登上了木船，巨大的洞穴完全坍塌，上面的山崖都掉落下来。木船向大海划去，柯南叹息，“那些随着这座山一起崩塌的金块，以后也许再没有出土的那一天。因为为了十亿元的金块，必须花费过十亿元以上的金钱，才有可能挖出来，太不划算了。”就这样，引起人类潜在欲望的金块，就伴随着水军作祟的阴影，全都沉到海底深处去了。
三人努力向大海划动，远处出现巨大的军舰，还有很多巡逻艇。千寻和晓月都在军舰上，看到千钧他们，二女在军舰上大声挥手欢呼着。海军自卫队的兵马终于赶到了，他们还在海上找到了所有失踪的船只，那些船只被绑在在一起，一起抛锚在敷岛北方不远之处。毛利和村长、老警察等人弄醒被打晕的看守村民后，也来到洞穴附近。看着洞穴的塌陷，彻底失望了。毛利小五郎也推断出金块应该就在里面，三上武男后悔极了，他怎么也没想到自己梦寐以求的金块，一直就在这里，可是现在根本拿不出来了。
敷岛上，大家在码头会合，毛利侦探非常生气，痛扁了柯南，“可恶，居然自己乱跑，要不是千钧过去救你们的话，还不知道会怎么呢？”柯南捂着头喊痛，三上铃大怒，走过去，“你竟敢欺负我的柯南！”一脚击中毛利侦探的下方要害，大叔脸色剧变……小兰、千寻、晓月都目瞪口呆，千钧哈哈大笑，柯南吓得冷汗直冒，“这个丫头，吓死人了！”
毛利一行人和老警察押着木下五郎，带着上原和浜田的尸体，离开敷岛，前去东京警视厅，将案件正式移交给目暮警官。柯南和三上铃依依惜别，三上武男面对强势的海上自卫队，不得不低头，咬牙出了重金才赎回了所有的船只，还被迫将岛屿的东部港口留给自卫队做了海军中转站，海军自卫队这边自然是皆大欢喜。千寻和晓月对那些黄金不能取出来，觉得太可惜了，这次敷岛之行没有达到预期的收获。
到了东京，前往警视厅路上，柯南好笑，“三上村长这次耍无赖撞上铁板了，赔了夫人又折兵啊！千寻的爷爷还真是厉害啊！”千寻摇头，“其实爷爷也没有那么夸张的势力，关键还是利益，自卫队应该一直在偷偷打敷岛的主意，这次的事件不过是个契机而已！”晓月也说，“依然军中传统习惯，如果没有我们这次敷岛之行的话，他们也会想办法制造出意外事件来达成目的，这叫以下克上！”大家都汗，日军的“优良传统”一直这样保存下来了啊！
柯南也笑起来，低声对千钧道，“原来，你那天晚上出去那么久，把敷岛所有的船只都弄到了海上，又通知了海军自卫队来接收。”千钧露出笑容，“我可是良好市民，最遵纪守法的，这个也许是水军作祟吧，哈哈……”柯南汗，这家伙还真是一点亏都不肯吃啊。柯南还有些疑惑，“那个洞穴坍塌的有些奇怪，感觉好像里面被掏空了一样，太巧了，刚好是我们在那里的时候……”千钧皱眉，“也许是海水长期的侵蚀，再加上台风的作用吧。”柯南点头，“大概是这样吧！”
然而真实的情况，只有千钧自己才知道。那天晚上，他就找到了洞穴里的所有金块，本着雁过拔毛的心态，千钧将金块都放置到了最大储物空间里，然后才进行了船只失踪行动，所以才耽误了更多的时间。洞穴的坍塌，也是因为千钧取走了黄金，导致岩壁中空，在海水潮起潮落冲击下，已经摇摇欲坠。柯南他们的到来，阶梯又崩溃了，这都加了洞穴山壁的最后坍陷。
当天，从警视厅回去后，千钧照样将金块取出来，分成3份存放，因为鸡蛋最好不要放在一个篮子里。一份放在千钧宅花园的地下空间中，另一份放到秘密基地的森林之下，剩下的那份交给藤野先生作为储备金放入公司的保密金库中，几乎所有的大公司都有储备金，因为日元贬值是很厉害的。正如mks所说，金银天然不是货币，但货币天然是金银。当然，前2个储存地方，只有千钧自己知道，千钧都加了各种自然能量保护，只要有人侵入，下场会非常凄惨的。藤野先生的金库那边，也有非常安全的各种设置，外人几乎不可能侵入，除非是鲁邦三世和怪盗基德这样的级高手，当然，千钧在里面也做了些手脚，就算他们两个进入公司金库，也够他们喝一壶的。
尾声，木下五郎为了黄金残忍杀害浜田幸二嫁祸给毛利小五郎、杀害上原康夫，意图杀死柯南和三上铃灭口，并挪用敷岛公款，被法庭判处3o年徒刑，恐怕要在监狱中度过余生了。浜田幸二杀害昔日船主船员、水军教授等人，罪行重大，但因为人已经死亡，法庭不再追究。千钧抓获木下五郎，查明了案件的真相，警视厅给以a级奖励。毛利小五郎非常恼火，因为风头被千钧给抢走了。
警视厅在公布幽灵船案件的同时，还向媒体公布了7年前幽灵船失踪之谜，5年前水军教授消失之谜，这2案的结果，引起了巨大的轰动。那些遇难的水军教授和学生们的家人，频频向政府抗议，不断举行示威游行。媒体也指责政府在事件生后，毫无作为，只是将这些人列为失踪人口。政府承受了很大压力，最后不得已赔偿了那些遇难者家属大批的抚恤金，事情才算结束。